Озеро Кроноцкое — всемирно известный объект, не имеющий аналогов в мире: такого высокого разнообразия лосевых рыб-эндемиков нет ни в одном другом водоёме. Поэтому вопросы эволюции и использования ресурсов пресных водоёмов часто рассматриваются именно на примере камчатского озера, здесь исследуются и решаются фундаментальные и прикладные научные задачи. Уникальная экосистема Кроноцкого озера по многим характеристикам сравнима с экосистемой Байкала.

Крупнейшее по площади (246 кв. км) озеро Камчатки, расположенное на территории Кроноцкого заповедника, появился более 12 000 лет назад в результате перекрывания реки Палеокроноцкой мощными (до 200 м) потоками лавы от извержений вулканов Кроноцкого и Крашенинникова. В результате этих геологических событий возник горный водоём, расположенный у подножья одного из красивейших вулканов мира — Кроноцкого. Но и красота озера не уступает мощи и величию соседа-вулкана.

Озеро уникально не только происхождением, но и природным комплексом в пределах всего бассейна. В озере сформировалась популяция кокани (жилая форма нерки) численностью около 30 млн. особей, которая возникла из проходной нерки в результате ее многовековой изоляции. По этой же причине в озере образовалась изолированная эндемичная группа гольцов из пяти разных типов. Именно механизмы видообразования живого мира в закрытой экосистеме, возникшей тысячи лет назад и почти сохранившейся в первозданном виде, заслуживают пристального внимания у генетиков и ихтиологов всего мира.

Сток из озера осуществляется через реку Кроноцкую, которая на протяжении 12 км верхнего течения усыпана мощными порогами, которые и препятствуют проходу в озеро других видов лососей во время их массового нереста. В восточной части озера разбросаны 11 живописных островов, поднимающихся на 25–50 м над водой. Все они названы по фамилиям участников Камчатской комплексной экспедиции Русского Императорского географического общества Ф.П. Рябушинского: о. Комарова, о. Конради, о. Бэра и т.д. На островах, в удалении от 34 до 44 км от побережья, располагаются колонии тихоокеанских чаек. Полакомиться их яйцами (даже на отдаленный остров Бэра!) заплывают бурые медведи.

Природный комплекс бассейна озера Кроноцкое также представляет особую ценность. Именно здесь произрастает редкий массив лиственницы камчатской с единичными деревьями ели аянской. В лиственничниках гнездятся скопы, белоплечий орлан, а в обрамляющих озеро горах – сапсаны. Сапсан во все времена оставался редкой птицей, несмотря на свою приспособляемость к природным и климатическим условиям. На территории России включён в Красную книгу.

Незаменимым украшением, символом озера, являются лебеди. Летом эти осторожные красавцы малозаметны: они придирчиво выбирают места под гнездовья. Но вот в предзимье начинается мощный подлет «северян». Из года в год в истоке реки Кроноцкой, на кромке льда и полыньи, они облюбовали место ночлега. Поначалу птиц тревожит присутствие людей на кордоне, всего-то 200 м от их ежедневного привала. Но за зиму они настолько привыкают, что становятся совершенно доверчивыми.