Энлиль — главное божество у шумеров, которому в первую очередь поклонялись в городе Ниппур. Энлиль известен своей связью с воздухом, ветром, землей и бурями, а также местом поклонения в центре Ниппура. Те, кто хотел поклониться Энлилю, посещали храм Экур, что переводится как «дом на горе». Этот храм был известен как собрание богов в Ниппуре и являлся самым священным и почитаемым зданием во всем древнем Шумере. Считалось, что Энлиль построил этот храм для себя как связующее звено между Небом и Землей.

Древние шумерские мифы гласят, что Энлиль был настолько свят, что даже другие боги не могли смотреть прямо на него. Шумеры, поклонявшиеся Энлилю, также считали его ответственным за развитие Земли. Первый бог, Намму, создал Небо (Ан) и Землю (Ки), которые спарились друг с другом, чтобы создать Энлиля. Энлиль разделил своих создателей, Ан и Ки (Небо и Землю), чтобы люди могли там выжить. Люди были созданы в результате спаривания Энлиля и Ки (Земли, его матери), как и все остальные формы жизни на Земле.

В других мифологиях Энлиль является предполагаемым отцом многих других богов на Земле. Считается, что бог луны Нанна, бог смерти Нергал, бог воинов Ниназу и бог рек Энбилулу являются его потомками. В одной из версий шумерской истории о потопе бог Энки помогает человеку Зиусудре выжить, и тот становится единственным выжившим после потопа. Энлиль, впечатленный этим, даровал Зиусудре бессмертие в качестве подарка за его ум и силу. Эта версия истории была записана на древней шумерской табличке, но история не является полной, а причина потопа неясна из-за повреждения таблички со временем.

Другой миф о Великом потопе гласит, что Энлиль сам вызвал его. Считается, что Энлиль устал от того, что шум людей мешал ему спать, поэтому он решил уничтожить людей, так как они были перенаселены. В этой истории семья человека по имени Утнапиштим предупреждена о надвигающемся потопе, и бог Эа велел ей построить лодку, чтобы выжить. Когда Энлиль узнает, что Утнапиштим и его семья пережили потоп, он приходит в ярость. Однако его сын Нинурта спасает свою семью, убеждая Энлиля оставить их в живых до тех пор, пока Земля не станет снова перенаселенной. Энлиль идет на компромисс, создавая хищников, голод и болезни, чтобы держать население в узде, и дарует Утнапиштиму бессмертие за его верность.

Шумеры все свое существование посвятили поклонению богам и тому, чтобы боги были довольны их работой. В рамках этого поклонения они часто создавали статуи Энлиля, а также других богов, поскольку верили, что статуя бога становится его физическим воплощением. Затем эти статуи стали регулярной частью ритуалов поклонения, между которыми шумеры постоянно ухаживали за статуями, обеспечивая их уборку, еду и другую человеческую заботу.

Энлиль часто описывался как заботливое, отеческое божество, которое заботится о своем народе. Цари в соседних городах-государствах использовали Энлиля как личное влияние и стремились управлять подобно тому, как Энлиль управлял человечеством. На самом деле, Энлиля считали настолько высоко, что Ниппур был единственным городом-государством в Шумере, в котором никогда не строился дворец. Они считали, что дворец отвлечет внимание от Энлиля, и хотели, чтобы его храм считался самым важным зданием в городе.

Даже после захвата Шумера вавилонянами под властью Хаммурапи в 17 веке до н.э. храм Энлиля все еще использовался. Хотя он терял популярность на протяжении многих лет, но время от времени привлекал к себе внимание, например, в 7 веке до н.э., когда древние вавилоняне начали верить, что Энлиль наделил силой их собственного бога Мардука. Это поклонение продолжалось примерно до I века до н.э., когда цивилизация значительно сократилась и поклонение как Энлилю, так и Мардуку прекратилось.