На первоначальные подозрения мексиканской полиции о том, что черепа были частью недавнего массового убийства, повлиял тот факт, что на черепах не было характерных признаков, присущих большинству доиспанских человеческих жертвоприношений в Мексике, когда черепа перфорировали с обеих сторон, чтобы установить их на стеллаже.

Однако эксперты, исследовавшие черепа пещерных жертв и то, что было найдено вокруг них, пришли к выводу, что жертвы были ритуально обезглавлены. В пресс-релизе INAH говорится, что ученые считают, что эти черепа относятся к тысячелетнему погребальному контексту, и что в пещере Комалапа действительно существовал жертвенный алтарь или tzompantli, своего рода стеллаж для выставления трофеев. В рассказах испанских конкистадоров 1520-х годов упоминается, что они видели такие tzompantli.

Физический антрополог Хавьер Монтес де Пас, исследователь из Центра INAH в Чьяпасе, сказал в пресс-релизе INAH, что существует несколько факторов, подтверждающих эту гипотезу. Во-первых, хотя вместе с черепами были найдены некоторые бедренные, берцовые и лучевые кости, до сих пор не было обнаружено ни одного полного скелета. Это дает основания предполагать, что речь идет о ритуальном обезглавливании. «У нас до сих пор нет точного подсчета их количества, поскольку некоторые из них очень фрагментированы, но пока мы можем говорить примерно о 150 черепах».

Ученые также указывают на запись Генеральной прокуратуры штата Чьяпас от 2012 года, в которой упоминаются следы выровненных деревянных палок. Черепа жертв человеческих жертвоприношений в культурах ацтеков и других коренных народов обычно нанизывались на деревянные палки с помощью отверстий, вбитых в височные и теменные кости. Однако эксперты считают, что черепа из пещеры могли покоиться на столбах, что объясняет отсутствие отверстий. «Многие из этих конструкций были сделаны из дерева — материала, который со временем исчез и мог обрушить все черепа», — заявил Монтес де Пас в пресс-релизе INAH.